传统FPGA和定制FPGA之间另一个重要的差异是在定制FPGA中所有的逻辑块是互连的。在 Mercury Plus 电路在线仿真系统所采用的定制FPGA中,逻辑块L0与一个交叉条矩阵相连形成一个逻辑块L1;这种结构在FPGA中复制,逻辑块L1通过交叉条互连形成逻辑块L2的统一结构;同样,2级结构也在器件中复制并与一个交叉条矩阵互连。这种结构专为费时的编译任务而优化,而没有像过去那样占用额外的门。被仿真电路中较高级上的逻辑块可自然地适配到FPGA中较高级的逻辑块中。同样,每一个高级的逻辑块可根据电路功能自然地划分为较低级的逻辑块并与相邻的交叉条互连。